[Starpu-devel] Quelques questions sur StarPU

[Xavier Portell Canal <xavier.portell-canal@grignon.inra.fr>]

Bonjour,

je voudrais utiliser StarPU pour paralléliser un modèle lattice-Boltzmann couplé à un modèle biologique. Notre équipe  viens de participer dans la dernière édition du CEMRACS (http://smai.emath.fr/cemracs/cemracs16/) ou j'ai eu l’opportunité de connaitre un peut comment utiliser StarPU. 

On voudrais continuer la tache que nous avons commencé. L’idée de base ça serais de faire le "data tiling' de notre structure de données en subdomains. Après ça nous allons implémenter fonctions CPU et GPU. Après ça nous voudrions partager les simulation en utilisant le support MPI pour StarPU.

Je voudrais vous poser quelques questions par rapport a l'utilisation de StarPU avant de continuer avec la parallélisation du code.

1) Notre code actuelle utilise des structure de donné du type vecteur (*), tableau (**) et, par fois, bloque (***). Dans les exemples que vous proposez il parait que vous utilisez toujours un structure de donne linéarisée  (p.e., subB[k+i*ldB]). Cela c'est obligatoire ou on peut utiliser aussi structures de donné de multiple dimensions? (p.e., subB[i][j]).

2 En cas d'avoir besoin de linéarisé notre structure de donnés, c'est possible d’allouer les donnes en utilisant de matrices alloué de façon contigu en mémoire (p.e., int (*subB)[NY]= calloc(NX,sizeof(*subB))?

3 il est possible d'utiliser les fonctions pour partager les données (p.e., starpu_data_ partition()) avec de tableau ** (int **x = malloc (...))?

4 Notre code aura besoin de l’aléatoire dans les taches (et MPI threaths). Il y a des moyens de faire ça dans StarPU?
 
En vous remerciant je vous souhaite une très bonne journée,

Xavier Portell